不过，生物质能源最近却遭到了质疑。最新一期出版的《经济学人》称，现在的生物质能源正陷入一种悖论：经济的不环保，环保的不经济。彭博新能源财经(BNEF)最新发布的报告称，自2003年以来生物质能源已吸引超过1260亿美元的投资，然而，如此巨额的投资，目前看来正在变得越来越鸡肋——要么影响粮食供应，要么完全没有经济竞争力。植物通过光合作用把太阳能储存在体内，再把这种所谓的太阳能转化成燃料，这是一种十分诱人的想法。彭博新能源财经(BNEF)称，因为听起来本质上是绿色的，所以生物燃料的计划(包括从发酵淀粉，到回收食用油，再到将藻类制作成为喷气发动机的燃料)自2003年以来已吸引超过1260亿美元的投资。然而，这些生物质燃料最具有商业竞争力的一点都不绿色环保，而那些绿色环保的却不具备商业竞争力。
生物质燃料非绿色环保的最大原因是会影响食物的供应，因为这些生物质燃料大多来自于食用作物，或是陆地上生产此作物的植物，这些植物本可供人类或家畜食用。上周，欧洲议会上，一个委员同意禁止使用这种“第一代”生物燃料。目前欧洲的目标是，2020年前，可再生能源占到交通运输能源使用量的10%。不同之处在于，这些燃料必须是基于废弃物或者其他不涉及粮食生产的作物制备而成的更加先进的产物。据BNFE估计，这可能意味着，到2020年，欧洲对先进生物燃料的需求量将会达到140亿升。
该委员认为，目前能够大规模生产的高级燃料只有两种：一种是将废弃的食用油或其他油制成柴油，这种工艺在欧洲已经有20亿升的产量，另一种是通过酶促水解反应从纤维素中制备乙醇。
她表示，目前一切的想法距大规模商业化生产至少需要四年的时间，这其中也包括此前大受吹捧的制备可再生喷气机发动机的燃料。
不过，生物质能源在小规模应用上还是有前途的。南非航空公司(SAA)正与波音公司和其他合作伙伴一起，致力于开发一种基于烟草种子的燃料。
但目前这一努力也陷入了困境。这种特殊培育的烟草品种不含尼古丁。这种作物由生活困苦的农民种植，他们从一年两季的经济作物烟草中获益，然后再为三分之一的粮食作物购买种子和化肥。种子的残余物成为动物的饲料。SAA的 Ian Cruickshank称，基于烟草的生物质燃料和来自化石燃料提炼的喷气机燃料的成本差不多。
麻疯树的投资者可能看到了类似的机会。不过，这种有毒的、奇怪的作物已令其投资者失望。但若是正常生长，它的果实能够为动物提供饲料，并且还能容易地制成类似于柴油燃料的生物柴油。想要发现很多类型的生物质燃料在绿色环保和商业竞争上有交集，十分困难。相对于解释这些作物究竟为何应该生长，环保激进分子一般更容易怒斥那些破坏环境或食品安全的人。
另一个具有争议性的问题是转基因。虽然这可能会提高产量、增加抗虫的能力，并且还能使生物质燃料的作物能在干旱、贫瘠的土地上生长。但是无论何种转基因，从绿色意识考虑，都难以销售。
尽管如此，科学界仍有大量的想法可以提供。比如，曼彻斯特大学、芬兰的图尔库大学和伦敦帝国理工学院的研究人员目前已经研究出一种酶，能够用于生产生物丁醇和更加有用的丙烷。
这种好的想法能否大规模商业化是另一回事。但有些公司确实已经开始放弃，一些致力于将藻类转化成燃料的美国企业正在转为制备高价值的化学品。
太阳光是能量的重要来源，而生物未必是储存它的最佳方式。
