首先是政策和市场机制不健全，省间壁垒突出，严重制约清洁能源消纳。
据褚艳芳介绍，我国清洁能源资源禀赋与需求呈逆向分布，西部地区风光水资源富集，集中开发后不能就地平衡消纳，需要大规模外送。而长期以来我国电力都是按省域平衡，就地消纳为主，缺乏清洁能源跨省跨区消纳的政策和电价机制。目前，东中部地区集中了全国三分之二以上的煤电，严重超出环境的承载能力，但可能是考虑省内产业发展、GDP增长以及就业等方面因素，一些东中部省份仍然积极争取新建燃煤机组，而不愿意使用省外的清洁电能，导致像四川这样的水电大省富余电力无处可去。
“另外，《可再生能源法》明确定义水电是可再生能源，我认为水电是技术成熟度、经济性都有明显优势的可再生能源，可国家2016年3月刚出台的《可再生能源发电全额保障性收购管理办法》却没有把水电包括在其中。”褚艳芳说，水电不能享受全额保障性收购的政策，包括近年来执行的可再生能源电价附加补助资金等优惠政策，水电也不在其中，这些政策机制的障碍，进一步增加了四川水电外送的困难，发电利用小时下降，弃水逐年加剧，水电企业经营困难，清洁能源发展遇到了最大的瓶颈。
针对这个问题，褚艳芳建议，一是加快构建全国统一电力市场。建立有利于打破省间壁垒、促进清洁能源跨区跨省消纳的电价机制和清洁能源配额制度，下达各省清洁能源消费比重硬指标。二是各省份都应均等承担环境保护的义务，建议东中部先发展起来的省份主动尽一份责任，积极消纳清洁能源。三是形成大力消纳水电的政策导向，尽快把水电纳入可再生能源全额保障性收购范围，并享受电价补助政策，促进水电企业健康可持续发展。
清洁能源发展面临的第二个难题是电源与电网发展不协调，清洁能源外送通道建设滞后，跨省区输电能力亟待加强。
褚艳芳说，以四川为例，四川省电源总装机已达9100万千瓦，省内最大用电负荷4150万千瓦，近4000万千瓦的清洁电力需要外送，而目前最大外送能力只有2850万千瓦，长期存在严重的弃水问题。随着多个在建的水电项目的陆续投产，预计到2020年，四川省清洁能源总装机将接近1亿千瓦。如果再不新增外送通道，届时将有2000多万千瓦的富余电力无法送出，每年弃水电量将超过500亿千瓦时，而这些区域多是民族地区和贫困地区，发展清洁能源产业是他们脱贫致富的重要途径。“清洁能源白白弃掉，造成投资和资源巨大浪费，我们深感忧虑。”
