整改方案指出，2017年甘肃省将停止祁连山自然保护区内的所有探采矿活动，2018年底前全面清理退出，2020年前全面消除自然保护区内矿山地质环境问题。
2016年11月30日至12月30日，中央第七环境保护督察组对甘肃省开展了环境保护督察。4月13日，中央第七环境保护督察组向甘肃省委、省政府反馈督察意见时指出，祁连山区域现有水电站150余座，其中42座位于保护区内，带来的水生态碎片化问题较为突出。
督察还指出，祁连山国家级自然保护区内已设置采矿、探矿权144宗，2014年国务院批准调整保护区划界后，甘肃省国土资源厅仍然违法违规在保护区内审批和延续采矿权9宗、探矿权5宗。大规模无序采探矿活动，造成祁连山地表植被破坏、水土流失加剧、地表塌陷等问题突出。
7月20日，中共中央办公厅、国务院办公厅就甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题发出通报，责成甘肃省委和省政府向党中央作出深刻检查，时任省委和省政府主要负责同志认真反思、汲取教训，包括甘肃省副省长在内的多名官员被问责。
该通报明确指出，在祁连山生态环境保护方面，甘肃省从主管部门到保护区管理部门，从综合管理部门到具体审批单位，责任不落实、履职不到位问题比较突出，以致一些违法违规项目畅通无阻，自然保护区管理有关规定名存实亡。
通报还指出，在祁连山生态环境问题整改落实中，普遍存在以文件落实整改、以会议推进工作、以批示代替检查的情况，发现问题不去抓、不去处理，或者抓了一下追责也不到位，不敢较真碰硬、怕得罪人，甚至弄虚作假、包庇纵容。从2013年至2016年，甘肃省对祁连山生态环境保护不作为、乱作为问题基本没有问过责。
两办发布通报4天后的7月24日，甘肃省十二届人大常委会第三十四次会议听取了省人民政府关于《甘肃省祁连山国家级自然保护区管理条例(修订草案)》的说明。《条例(修订草案)》增加了7类禁止性活动，形成了禁止在保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等10项禁止性活动。
7月25日，甘肃省公开中央环境保护督察整改方案。方案细化分解出62项问题，逐一明确整改目标、整改时限、责任单位、责任领导、责任人员、督导单位和270项整改措施，建立台账、挂账销号，挂牌督办、跟踪问效，从7大方面强力推进整改任务落实。
其中包括，抓好祁连山国家级自然保护区生态环境问题整改工作。深刻汲取教训，认真反思对照，切实举一反三，进一步摸排梳理祁连山国家级自然保护区生态环境问题，逐个问题研究制定整改方案，一个问题建立一套整改班子，对位于保护区内的矿山企业、水电开发项目和旅游基础设施全面复核排查评估，坚决依法整改，直到问题彻底解决。
方案还划定了整改时间表，即2017年停止祁连山自然保护区内的所有探采矿活动，2018年底前全面清理退出，2020年前全面消除自然保护区内矿山地质环境问题。
2017年9月底前祁连山区域内水电站生态环境问题得到全面整改，对祁连山区域范围内159座水电建设项目进行全面排查，重点核查审批环节是否规范，审批手续是否齐全等问题，并督促水电站业主单位安装取用水和生态流量泄放计量监控设施。
对祁连山自然保护区内42座水电站开展水资源论证复评工作，重点对各水电站发电取水量和最小下泄生态流量进行复核，形成《祁连山自然保护区水电站水资源论证复评报告》。
对祁连山保护区范围内42座水电站建立引水和生态下泄流量监控系统，实现在线监控，完成水利、环保信息平台的对接共享。
2015年9月由于祁连山国家级自然保护区保护不力等问题，张掖市及有关部门被环境保护部和国家林业局联合约谈后，整改工作仍然存在不到位的问题。列入祁连山自然保护区整治方案的部分项目整改不彻底，一些设施未清除到位，一些植被破坏点未得到及时修复。部分生态破坏问题未得到有效整改。
对此，整改方案要求，加快未完成整改项目的进度，综合施策，确保各类违法违规设施全部清除到位，植被破坏点得到及时修复，生态破坏问题全部得到有效整改。张掖市、金昌市、武威市2017年12月底前完成整改。
